En 1927 Patricio Aylwin ingresó a estudiar al Instituto Salesiano en la ciudad de Valdivia, donde su padre ejercía como juez. Al año siguiente la familia se trasladó a vivir a Santiago, instalándose definitivamente en San Bernardo, en una quinta ubicada en la tradicional Avenida Portales.

Entre 1929 y 1934 Aylwin fue alumno regular del Liceo de Hombres de San Bernardo llegando hasta quinto año de humanidades, último curso que allí se impartía. En el liceo, compartió con los hijos de los obreros de la Maestranza de Ferrocarriles del Estado; con los hijos de los militares y aviadores cuyos padres se desempeñaban en el regimiento y en la base aérea El Bosque; como también con los hijos de profesionales y funcionarios públicos avecindados en San Bernardo. Con todos ellos cultivó profundas amistades muchas de las cuales conservó a través de los años.

Junto con ser un buen alumno, Aylwin destacó por su interés en participar en actividades de carácter académico y social. Fue uno de los fundadores de la Academia Cultural Magallanes Moure, de la cual fue su primer presidente, además de miembro del Club de Ajedrez de San Bernardo y del Centro de Alumnos y Ex Alumnos de su liceo.

En 1935 Aylwin ingresó al Internado Nacional Barros Arana en Santiago, donde finalizó su sexto año de humanidades.